Có thể nói, Khoa Y được thành lập đúng vào thời điểm ngành giáo dục và ngành y tế của Việt Nam đang có sự chuyển động mạnh mẽ về nâng cao chất lượng đào tạo để hội nhập quốc tế. Những quan điểm, chủ trương và chính sách mới của Bộ Giáo dục và Đào tạo và Bộ Y tế đều được Khoa Y ĐHQG-HCM tiếp nhận và áp dụng triệt để trong các chương trình đào tạo của Khoa.

Các chương trình đào tạo tại Khoa Y được thiết kế theo hướng phân bổ hợp lý giữa tỷ lệ nghiên cứu và ứng dụng, áp dụng triệt để phương pháp PBL vào dạy – học, đặt mục tiêu đạt được các giá trị cốt lõi như đã đề ra trong CTĐT và đảm bảo chất lượng đào tạo đáp ứng được nhu cầu của xã hội.

Phương pháp học dựa trên vấn đề (Problem Based Learning – PBL) được xây dựng trên nguyên tắc sử dụng vấn đề làm điểm khởi đầu cho việc thu nhận, tích hợp kiến thức mới. Điều đặc biệt là, thông tin cần thiết để giải quyết vấn đề không được cung cấp trước giờ lên lớp. Sinh viên phải tự vận dụng nguồn kiến thức đã có, tăng cường tương tác với nhóm và người hướng dẫn để tìm ra vấn đề và giải quyết vấn đề. Phương pháp PBL qua đó rèn luyện cho sinh viên khả năng tư duy tích cực để ghi nhớ sâu hơn so với việc được nghe giải thích từ giảng viên. Với phương pháp này, đòi hỏi người hướng dẫn (tutor) và người học đều sử dụng tiếng Anh 100% trong việc thảo luận để đi đến giải quyết triệt để một vấn đề y khoa có thể gặp trong đời sống. Phương pháp này đã được nhiều trường đại học uy tín áp dụng như: Đại học Flinders – Úc, đại học Maastricht – Hà Lan, đại học Vienna – Áo…   

Ngay khi tiếp cận được xu hướng đào tạo chính thống trên thế giới và nhận thức rõ hiệu quả từ việc áp dụng mô hình đào tạo PBL trong giáo dục đại học, đặc biệt đối với khối ngành Khoa học sức khỏe, Khoa Y – ĐHQG TPHCM đã mạnh dạn học tập kinh nghiệm và tham vấn từ các chuyên gia để đưa vào giảng dạy. Khoa Y đã hợp tác với các trường đào tạo y khoa uy tín trên thế giới. Thiết kế chương trình đào tạo y khoa theo module tích hợp được Trường ĐH Y Khoa Vienna (Áo) hỗ trợ xây dựng theo chuẩn CDIO (Conceive – Design – Implement – Operate). Để áp dụng phương pháp PBL (Problem Based Learning), vốn cần thiết trong xu hướng đào tạo y khoa theo module tích hợp, Khoa Y được Đại học Maastricht (Hà Lan) và Đại học Y khoa Flinders (Úc) giúp đỡ. Theo đó, một chuỗi chương trình trao đổi giảng viên và các khóa tập huấn phương pháp PBL đã được triển khai. Sự phối hợp phương pháp thảo luận PBL vào giảng dạy các module tích hợp trang bị cho sinh viên được toàn diện hơn. Giúp cho sinh viên có thể vừa tiếp thu kiến thức chuyên môn vừa phát triển kỹ năng tư duy, giao tiếp và giải quyết vấn đề được tốt hơn.

Việc áp dụng phương pháp PBL đã được Khoa Y kiên trì theo đuổi vì Khoa có rất nhiều lợi thế để áp dụng hiệu quả và toàn diện phương pháp PBL trong đào tạo y khoa. Về điều kiện tổ chức lớp học: sĩ số sinh viên ít tạo điều kiện thuận lợi trong việc chia nhóm. Đội ngũ giảng viên/sinh viên cân đối về số lượng đủ để có thể phân công hướng dẫn các nhóm, giảng viên có kiến thức thực tiễn ngành nghề và sư phạm để thiết kế các vấn đề của môn học sát thực tế. Vấn đề còn lại đòi hỏi người giảng viên cần khơi dậy được năng lực tư duy của sinh viên, giúp sinh viên cảm thấy thích thú và trở nên tự giác hơn trong quá trình tích lũy tri thức.

Khi áp dụng mô hình PBL vào đào tạo, Khoa Y – ĐHQG TPHCM đã chủ trương thực hiện một cách thận trọng, có lộ trình rõ ràng đồng thời có quá trình kiểm tra, đánh giá, so sánh kết quả đạt được một cách nghiêm túc để có cái nhìn tổng quan về hiệu quả dạy – học, từ đó có những thay đổi, điều chỉnh phù hợp. Qua nhiều năm áp dụng, hiện nay việc triển khai phương pháp PBL trong đào tạo y khoa tại Khoa Y ngày càng được chuẩn hóa. Mỗi năm học, Khoa Y đều tổ chức các khóa bồi dưỡng để nâng cao kỹ năng tạo tình huống, điều tiết, tổ chức lớp học cho người hướng dẫn. Các khóa học đều có sự tham gia của nhiều đơn vị đào tạo khối ngành sức khỏe, nhiều bệnh viện và đại diện sinh viên các khóa –  đối tượng được hưởng lợi trực tiếp từ phương pháp đào tạo này để tạo sự khách quan trong quá trình đánh giá và kiểm định mức độ hiệu quả. Các khóa tập huấn đã góp phần làm chuyển biến nhận thức của đội ngũ giảng dạy về trách nhiệm đối với công tác đào tạo của Khoa, đồng thời bổ sung nhiều kiến thức chuyên môn, phát huy khả năng sử dụng ngoại ngữ, một yếu tố không thể thiếu trong thời đại Cách mạng Công nghiệp 4.0.